京都賞基礎科学部門（きょうとしょうきそかがくぶもん）は、京都賞の一部門であり、優れた業績を上げた科学者に与えられる賞である。受賞対象分野は、生物科学、数理科学、地球科学・宇宙科学、生命科学である。 1985年 クロード・エルウッド・シャノン 1986年 ジョージ・エブリン・ハッチンソン 1987年 ヤン・ヘンドリック・オールト 1988年 アブラム・ノーム・チョムスキー 1989年 イズライル・ゲルファント イズライル・モイセーヴィッチ・ゲルファント 1990年 ジェーン・グドール 1991年 エドワード・ノートン・ローレンツ 1992年 西塚秦美 1993年 ウイリアム・ドナルド・ハミルトン 1994年 アンドレ・ヴェイユ
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